Починали зводити собор в кінці 1892 року в візантійському стилі. Потім, після приходу до керівництва єпископів інших переконань, його стали перебудовувати по архітектурним традиціям римсько-католицької церкви, точніше по образам французької готики. Підстава біля собору у вигляді хреста, ліворуч і праворуч від центрального входу планувалося звести дві вежі, дуже схожі на вежі знаменитого паризького собору Нотр-Дам. Ця схожість повинні були доповнювати стрілчасті арки головного порталу, статуї фігур святих уздовж стін і вікно-трояндочка з вітражами над головним порталом.
Розміри собору вражають. Він дійсно гігантський. Його загальна площа складає два футбольних поля. Вікно-трояндочка складене з тисячі шматків кольорового скла, в діаметрі понад 12 метрів. Одночасно собор може прийняти 5 тисяч віруючих.
Колосальні розміри собору це результат амбіцій представників єпископальної церкви Нью-Йорка. У 1878 році католики міста побудували храм Святого Патрика в стилі неоготики. У той час цей католицький собор був найбільшим в Нью-Йорку. Представники єпископальної церкви вирішили обігнати «суперників по вірі» і побудувати єпископальний собор в два рази більше.
Проте будівництво собору затягнулася. Пожертви надходили неругярно. До початку XX століття готовий був тільки фундамент. Церемонія освячення собору, ще недобудованого, відбулася в 1941 році. Після вступу США у Другу світову війну всі засоби єпископальної церкви пішли на благодійність іншої властивості. І після війни будівництво не дуже просунулася. Собор залишився тільки при одній вежі.
У 2001 році на будівництві собору сталася пожежа. Сліди того руйнівної пожежі вдалося усунути. Сьогодні собор готовий на дві третини. Незважаючи на недобудовану однієї башти, в рік храм Іоанна Богослова відвідують близько півмільйона віруючих. Для їх залучення отці єпископальної церкви не поскупилися і виставили у соборі різні скарби. Наприклад, гобелени XVII-XVIII століть із зображенням страстей Христових, картини відомих художників, різні дари, привезені зі святих місць землі.
У соборі також є пам`ятники жертвам християнської історії. Привертає віруючих і біблійний сад собору, в якому висаджені всі рослини, про які йдеться в Біблії.