Мабуть, до початку дев`яностих актор нічим не виділяється крім комедійної трилогії «Вже хто б говорив» (1989, 1990, 1993). Іноді ці картини зустрічаються під назвою «Дивіться, хто заговорив!». Герой Траволти таксист Джеймс знайомиться з жінкою, якій мають бути пологи. Саме він відвозить героїню в пологовий будинок. Особисте життя супутниці виявляється плачевною. Зовсім недавно жінку кинув чоловік. У розвитку сюжету герой Траволти виявляється нянею малюкові. Між матір`ю і таксистом зав`язуються спочатку суто робочі стосунки, але згодом це переростає у щось більше.
З 1994 року, багато в чому завдяки Згадайте актора Квентіну Тарантіно, починається епоха тріумфу Траволти. Траволта бере участь у кримінальній комедії «Кримінальне чтиво» (1994). Цей фільм цілком можна віднести до сучасної класики кінематографа про американських мафіозі. В основі сюжету історія пари криміналів з Лас-Вегаса, які доставляють таємничий чемодан своєму босові.
Далі на широкий екран вихід картина «Дістати коротуна» (1995). Це кримінальна комедія про кінобізнес в якій Траволта виконує головну роль рекетира Чилі Палмера. Палмер вирушає на пошуки заборгував босові режисера, але втягується в кіноіндустрію і хоче просунути власний сценарій і зняти кіно.
Містична і неймовірно глибока драма «Феномен» (1996) являє собою фільм про простого хлопця, який став володарем неабияких здібностей. Після удару блискавки житель провінційного містечка став неймовірно ерудованим і отримав паронормальних здібності. Сюжет далеко не поверховий і зачіпає ставлення суспільства до феноменальним людям в цілому. Траволта грає головного героя, який може передбачати землетруси, інші явища. Рівень інтелекту героя зашкалює. Всі ці здібності Джордж Меллі (Траволта) намагається використовувати на благо суспільства.
Ще одним відомим фільмом за участю Траволти можна назвати картину «Без обличчя» (1997). Джон грає агента ФБР, який розисківаемих двох братів злочинців. Одного з них вдалося посадити, інший перебував у комі. Однак незабаром впізнається про те, що злочинці заклали бомбу. Для того, щоб дізнатися, де вона, агент ФБР (Траволта) пересаджує собі обличчя брата злочинця, який перебуває в комі, і сідає у в`язницю за нього. У цей час прокинувся з коми герой сам пересаджує особа агента ФБР і влаштовується на роботу в агентство. У підсумку обом героям належить довести хто є хто.
Крім цього, заслуговує на увагу комедія «Щасливі номера» (2000) в дуеті з Лізою Кудроу і постапокаліптична драма про інопланетних загарбників «Поле битви: Земля» (2000).